Cygwin上でPerl＋Javaを実行する

大学での研究を行うために、Cygwin上でPerlのスクリプトを実行することにしました。 ^*1
これまではLinux上で動かすだけだったので、PerlからJavaプログラムを呼び出しても
全然問題なかったんですが、Cygwinになるとちょっと厄介な問題が発生します。

その問題というのは、PerlとJavaでパスの指定の仕方が異なるという点です。
Perlでは、よくCygwinでも使われている /cygdrive/c/（以下略） という形式で書くことができます。
また、スクリプトが存在する位置から見た相対パスでももちろん指定することができます。
しかし、このPerlスクリプトからJavaプログラムを呼び出した場合は、Windows形式で
直接指定しないといけません。（例えば、c:/Documents\ and\ Settings/hogehoge/ とか。）
なので、Perlスクリプト用のパスとJavaプログラム用のパスを別々に考えないといけないわけです。

ウェブ上を探してみると、Javaプログラムのためにパスを変換してくれるラッパー
アプリケーションがあるようなんですが、まだ試していません。
これがうまく動作するなら、とても便利そうなんですけどね。
なんとかならないんでしょうか、このCygwinの仕様。